反渎职侵权案件查处不力，造成困境的主要原因如下：从渎职侵权案件发案特点看，该类型案件通常具有事实上的模糊性、情节上的复杂性、职务上的掩饰性、责任上的分散性、行为上的隐蔽性。且渎职犯罪的主体为国家机关工作人员，犯罪嫌疑人具有很强的反侦查能力，真实口供很难取得，加之这类案件证人易受干扰，证言易假、易变；行业性、政策性强，罪与非罪不易区分，实践中容易形成“外行查内行”的局面，这是造成反渎案件困境的一个重要原因。
此外，在实践中，行政执法与刑事司法的衔接存在较大缝隙，行政机关渎职失职的行为容易与行为人工作上的不认真、领导安排交办、集体研究决策等行为混淆。再加之渎职侵权案件具有权利与职务紧密相连的特征。事发后，缺乏主动移送线索的意识和勇气，或者出于各种自身或部门利益，怕被一票否决，怕拔出萝卜带出泥，怕引火烧身，往往对检察机关查处案件不是隐瞒真相、极力开脱，就是消极干扰，甚至设置障碍阻挠办案，增加了案件取证和查办的难度。在反渎工作实践中，行政机关主动移送的案件几乎没有。
