日本航空公司、全日空公司等国内各航空公司26日向国土交通省报告称，27日起将不向中方递交途经该识别区的飞行计划书。
11月23日，中国国防部宣布划设东海防空识别区后，日本反应尤为强烈。中方严格按照国际法划设的防空识别区，日本当局却宣称“对日本不具有任何效力”。11月26日，日本航空、全日空航空等3家经营中日航线的航空公司按照中方的要求，于当天向中国政府提交了飞行计划书。
对此，日本官房长官菅义伟26日在记者会上表示，已通知日本的航空公司，中国划设的东海防空识别区“对我国不具有任何效力”，要求航空公司继续按现有规则应对。菅义伟同时强调：“航空公司将在考虑乘客安全的基础上对政府方针及各种情况等进行综合考虑，做出最佳判断。”此外，日本国土交通相太田昭宏也在记者会上表示：“我认为各家公司将做出最佳判断。”
中国国防部在有关东海防空识别区航空器识别规则公告中明确要求，位于东海防空识别区飞行的航空器，应当向中国外交部或民用航空局通报飞行计划，并服从东海防空识别区管理机构或其授权单位的指令。对不配合识别或者拒不服从指令的航空器，中国武装力量将采取防御性紧急处置措施。
